De plaats komt in 1298 voor als Nieweniedorp, de plaatsnaam zou mogelijk verwijzen naar een nieuwe woonkern die ontstaan was. Hierbij zou het mogelijk dubbel zijn. In 1206 is er sprake van Nyedorp, duidend op een eerder maar nieuw ontstaande woonkern. Uiteindelijk valt de woonkern in tweeën en in 1298 spreekt men van een Nieuwe en een Ouwe (duidend op Oude Niedorp). Een andere mogelijkheid is dat Niedorp een samentrekking is van Ten-iedorp, wat waterdorp betekent. Nieuwe Niedorp verwijst dan naar een nieuw ontstaan waterdorp.

Nieuwe Niedorp was van oudsher een overwegend vrijzinnig hervormd dorp, zoals de meeste dorpen in het noorden van de Kop van Noord-Holland. In 1920 was meer dan 50% van de bevolking vrijzinnig hervormd. Van 1894 tot 1929 had Nieuwe Niedorp een hervormd predikant die ook landelijk bekend was als een van de zogenaamde "rooie dominees", Nicolaas J. C. Schermerhorn, een aangetrouwde neef van Ferdinand Domela Nieuwenhuis. In 1904 was hij samen met Nieuwenhuis een van de oprichters van de Internationale Anti-Militaristische Vereeniging, en van 1910 tot 1923 was hij redacteur van De Wapens Neder. Hij schafte onder andere de zondagochtenddiensten, de doop en het traditionele bidden tijdens de diensten af, en zijn antimilitaristisch activisme bekocht hij in 1916 met vijftien dagen hechtenis. Dankzij de vrijzinnige traditie van dit deel van Noord-Holland leidden de conflicten die hij met de kerk over zijn anarchistische overtuigingen had echter nooit tot zijn ambtsuitzetting. Sterker nog: toen zijn opvolger iets te voortvarend een meer traditionele koers probeerde in te slaan werd deze binnen twee jaar door de kerkeraad tot aftreden gedwongen.
Schermerhorn speelde ook een inspirerende rol voor de christen-anarchistische commune (of "landbouwkolonie") die een halve eeuw lang, vanaf 1903 of 1904, in
Nieuwe Niedorp bestond, de langst overlevende van haar soort. Ook later, in de jaren vijftig en zestig, bleef Nieuwe Niedorp nog "een links dorp", zij het niet zo links als de nabijgelegen dorpen Winkel en Barsingerhorn. In de Tweede Kamerverkiezingen van 1946 en 1956 behaalde de Partij van de Arbeid in Nieuwe Niedorp meer dan 50% van de stemmen; in 1946 en 1948 kreeg de Communistische Partij Nederland er 15% van de stemmen, en in 1959 en 1963 scoorde de Pacifistisch Socialistische Partij (PSP) hier 12%. Nog in 1967 stond Nieuwe Niedorp bovenaan de lijst van beste resultaten voor de PSP, en stonden Winkel en Barsingerhorn eveneens in de top 10. Op Schermerhorns tachtigste verjaardag in 1946 zei een redenaar: "U bent het geweest, die van ons dorp heeft gemaakt wat het nog altijd is: het rode dorp. Het dorp waar de mensen een ruime levensopvatting hebben en waar de bekrompenheid, die in sommige dorpen zo deprimerend kan werken, ver te zoeken is." In recente verkiezingen (2010, 2012) is het echter vooral de VVD die het goed doet in het dorp.
Nieuwe Niedorp was tot 1970 een zelfstandige gemeente, waartoe ook het gehucht Terdiek behoorde dat nog altijd formeel onder Nieuwe Niedorp valt. Daarna ging het dorp op in de gemeente Niedorp, die in 2012 weer opging in de gemeente Hollands Kroon. Het dorp kreeg in 1415 tezamen met het dorp Oude Niedorp stadsrechten en de stad kreeg de naam Stede Niedorp. Inwoners van Nieuwe Niedorp worden 'dotten' genoemd.